Der wahre Ursprung der Rasse ist nicht bekannt, doch es gibt verschiedene, mehr oder weniger wahrscheinliche, Geschichten und Theorien zum Ursprung der Rasse. 

Eine biologisch unmögliche, aber dennoch unterhaltsame Variante ist die Kreuzung einer Katze aus Maine mit einem Waschbären. Das Aussehen, die Tabbyzeichnung und der damit geringelte und buschige Schwanz der früheren Maine Coon erinnerte die Einwohner an Waschbären. 
Eine andere Variante, diese ist schon wahrscheinlicher, dass die Vorfahren der Maine Coon (und der Norwegischen Waldkatzen) mit den Wikingern um 1000 n.Chr. auf den nordamerikanischen Kontinent kamen. 
Wieder eine andere Theorie besagt, dass es sich bei der Maine Coon um eine Kreuzung langhaariger Katzen der französischen Königin Marie Antoinette und einheimischen Katzen Amerikas handelt, wodurch die halblanghaarigen Katzen entstanden. 
Eine weitere Geschichte ist die des Handelskapitäns Coon, dessen langhaarige Schiffskatzen sich bei Landgängen in Neuengland mit den dort heimischen Katzen paarten. Gab es in einem Wurf dann irgendwo ein langhaariges Kätzchen, so war der Kommentar „Wieder eine Coon-Katze“ zu hören. 
Als Luxusgeschenk für ihre Familien könnten viele Kapitäne solche langhaarigen Katzen dabeigehabt haben. 

Aus den ersten Catterys entsprangen fünf Katzen aus den drei bekanntesten Linien, welche heute in keinem Stammbaum einer Maine Coon ohne „New Foundations“ in den Vorfahren fehlen. Wobei nur eine Katze „Smokie Joe of Whittemore“ wirklich aus Maine kam. Die anderen Katzen kamen aus Florida, Maryland und New York. Diese gelten bis heute als die Top 5. 

Als Clones gelten die Nachkommen des „Heidi Ho Sonkey Bill“ mit „Tanstaalf Polly Adeline“, die sich allesamt extrem ähnlich sahen und aufgrund ihrer Ausstellungsqualität immer wieder Einsatz in der Zucht fanden. Diese finden sich auch diese Tiere in allen Stammbäumen wieder.

Zum Zeitpunkt der ersten planvollen Maine Coon Zucht waren etwa 40% der Tiere polydaktyl. Doch die Anerkennung sollte später folgen, da erst die „normale“ Maine Coon den Dachverbänden nahegebracht werden sollte. Bis in die heutige Zeit ist der Einsatz der polydaktylen Katzen nicht explizit verboten, dürfen jedoch nicht ausgestellt werden. 

Heute gibt es die Maine Coon in quasi zwei Zuchtrichtungen. Den ursprünglichen Typ und den neuen, modernen Typ, der mit teils großen Ohren, breiten Pinseln und stark hervorstehender Schnauze hervorsticht. 
Teilweise werden sogenannte „New Foundations“ bis heute aus den USA importiert. Tiere, die aus der dortigen Population stammen, der ursprünglichen Maine Coon aber sehr ähnlich sehen und neu in die Zuchtbücher eingetragen werden zur Genpoolerweiterung. 

Die Anzahl der Maine Coon Züchter in Deutschland (und auch der restlichen Welt) ist groß und die Maine Coon gehört heute zu den beliebtesten und bekanntesten Katzenrassen.